Những thay đổi hình thành bản chất của Đế chế La Mã Thần thánh đã diễn ra trong các hội nghị ở Rastatt (1797–1799) và Regensburg (1801–1803). Vào ngày 24 tháng 3 năm 1803, Đế quốc (tiếng Đức: Reichsdeputationshauptschluss) đã được tuyên bố, làm giảm số lượng tiểu bang giáo hội từ 81 xuống còn 3 và các thành phố tự do từ 51 xuống 6. Dự luật này nhằm thay thế hiến pháp cũ của Thánh chế Đế quốc La Mã, nhưng hậu quả thực sự của dự luật là sự kết thúc của đế quốc. Với sự thay đổi đáng kể này, Đức Hoàng đế Francis II đã tạo ra danh hiệu Hoàng đế Áo, cho chính ông và những người kế vị của ông.

Năm 1804, Hoàng đế La Mã Thánh Francis II, cũng là người cai trị các vùng đất của chế độ quân chủ Habsburg, đã thành lập Đế chế Áo, trong đó tất cả các vùng đất của ông đã được đưa vào. Khi làm như vậy, ông đã tạo ra một cấu trúc bao quát chính thức cho chế độ quân chủ Habsburg, vốn đã hoạt động như một chế độ quân chủ tổng hợp trong khoảng ba trăm năm. Ông đã làm như vậy bởi vì ông đã đoán trước sự kết thúc của Đế quốc La Mã Thần thánh, hoặc sự gia nhập cuối cùng như Hoàng đế La Mã Thần thánh Napoléon, người đã sớm hơn năm đó thông qua danh hiệu Hoàng đế của người Pháp; Francis II cuối cùng đã từ bỏ danh hiệu Hoàng đế Đế quốc La Mã Thần thánh sau năm 1806. Để bảo vệ tình trạng hoàng gia của triều đại, ông đã thông qua danh hiệu di truyền bổ sung của Hoàng đế Áo. Ngoài việc được bao gồm trong một " Kaiserthum " mới, các hoạt động của cấu trúc bao quát và tình trạng của các vùng đất thành phần của nó lúc đầu vẫn còn nhiều giống như họ đã ở chế độ quân chủ tổng hợp tồn tại trước năm 1804.

Điều này đặc biệt được chứng minh bởi trạng thái của Vương quốc Hungary, một quốc gia chưa bao giờ là một phần của Đế quốc La Mã và luôn được coi là một vương quốc riêng biệt - một trạng thái đã được khẳng định bởi Điều X, được bổ sung vào Hungary Hiến pháp năm 1790 trong giai đoạn chế độ quân chủ hỗn hợp và mô tả nhà nước như là một Regnum Independens. Công việc của Hungary vẫn được quản lý bởi các tổ chức của chính họ (King and Diet) như trước đây. Vì vậy, không có tổ chức Imperial nào tham gia vào chính phủ của mình.[3][4][5]

Sự sụp đổ và giải thể của Đế chế La Mã Thánh được tăng tốc bởi sự can thiệp của Pháp vào Đế chế vào tháng 9 năm 1805. Ngày 20 tháng 10 năm 1805, một đội quân Áo do Tướng Karl Mack von Leiberich lãnh đạo đã bị quân Pháp đánh bại gần thị trấn Ulm. Chiến thắng của Pháp đã thu hút 20.000 binh sĩ Áo và nhiều khẩu pháo. Quân đội của Napoléon giành được một chiến thắng khác tại Austerlitz vào ngày 2 tháng 12 năm 1805. Francis bị buộc phải đàm phán với người Pháp từ ngày 4 đến ngày 6 tháng 12 năm 1805, kết thúc bằng một cuộc đình chiến vào ngày 6 tháng 12 năm 1805.

Những chiến thắng của Pháp đã khuyến khích những người cai trị một số vùng lãnh thổ nhất định liên minh với người Pháp và khẳng định sự độc lập chính thức của họ từ Đế quốc. Ngày 10 tháng 12 năm 1805, Maximilian IV Joseph, hoàng tử và công tước xứ Bavaria, tự xưng là vua, theo sau là Công tước Württemberg Frederick III vào ngày 11 tháng 12. Charles Frederick, Margrave của Baden, đã được trao danh hiệu Grand Duke vào ngày 12 tháng 12. Mỗi tiểu bang mới trở thành đồng minh Pháp. Hiệp ước Pressburg giữa Pháp và Áo, đã ký tại Pressburg (hôm nay là Bratislava, Slovakia) vào ngày 26 tháng 12, mở rộng lãnh thổ của các đồng minh Đức vào vòng ảnh hưởng của Napoleon. Đó là mất mát từ thất bại của Áo.

Francis II đã đồng ý với Hiệp ước nhục nhã Pressburg (26 tháng 12 năm 1805), trong thực tế có nghĩa là giải thể Đế chế La Mã lâu đời và tái tổ chức dưới dấu ấn Napoleon của các vùng lãnh thổ Đức bị mất trong quá trình trở thành một trạng thái tiền thân trở thành nước Đức hiện đại, những tài sản này được đề cử là một phần của Đế chế La Mã trong giới hạn hiện tại của Đức, cũng như các biện pháp khác làm suy yếu Áo và Habsburgs theo những cách khác. Một số lãnh thổ của Áo ở Đức đã được chuyển cho các đồng minh Pháp - Vua Bavaria, Vua của Württemberg và Bộ trưởng Baden. Tuyên bố của Áo về những quốc gia Đức đã bị từ bỏ mà không có ngoại lệ.

Vào ngày 12 tháng 7 năm 1806, Liên bang Rhine được thành lập, bao gồm 16 vương quốc và thành bang. Liên minh này, dưới ảnh hưởng của Pháp, chấm dứt Đế quốc La Mã Thánh. Vào ngày 6 tháng 8 năm 1806, ngay cả Francis cũng công nhận tình trạng mới của sự việc và tuyên bố sự tan rã của Đế chế La Mã Thánh, vì ông không muốn Napoleon thành công. Hành động này đã không được công nhận bởi George III của Vương quốc Anh cũng là Tuyển hầu tước xứ Hanover, người đã mất các vùng lãnh thổ Đức của mình quanh Hanover đến Napoléon. Những tuyên bố của ông sau đó được giải quyết bằng việc tạo ra Vương quốc Hanover được tổ chức bởi những người thừa kế vua George cho đến Nữ hoàng Victoria, nó phân chia các gia đình hoàng gia Anh và Hanover.